При использовании /shell в RemoteApp не открываются вложенные приложения со следующей ошибкой:
Приложение не найдено:
C:\Windows\system32\start.exe
Данная ошибка связана с некорректным расположением .exe файла, для ее исправления укажите правильную рабочую директорию в настройках транспорта Linux Client/Custom parameters:
/shell-dir:"C:\Path\To"